微生物在生态系统中扮演着非常重要的角色，其在环境污染治理方面也有着很好的利用。环境微生物方向主要包括重污染河道生态修复技术研究、微囊藻毒素对主要农作物的毒性及应对措施研究、纤维素降解菌的研究、农药污染土壤微生物菌剂修复研究、煤矿酸性废水微生物方法处理的应用研究、制革、染色废水微生物菌剂应用研究、矿山土壤微生物菌剂修复研究等内容。

微囊藻毒素对主要农作物的毒性及应对措施研究，具体研究了微囊藻毒素对禾本科十字花科、豆科和葱科十种典型农作物萌发早期的毒性，并根据不同可农作物的耐受性提出了农业生产上的应对措施。首次从植物分类学角度系统研究不同农作物对微囊藻毒素耐受性的差异。从植物分类学的角度考察了禾本科、十字花科和豆科农作物对微囊藻毒素耐受性的差异。之前已经有诸多关于微囊藻毒素对农作物毒性的研究，但是基本上都是针对一种或者是几种农作物进行研究，没有任何研究从分类学的角度出发考察分类学上不同科作物对微囊藻毒素的耐受性差已。相对而言，从分类学角度来研究微囊藻毒素对农作物的毒性在农业生产上更具有指导价值，并且首次提出了农业生产上应对微囊藻毒素污染的措施。

重污染河道生态修复技术研究，具体研究了水质对河道生物修复过程中生物多样性的影响和河道沉积物中磷富集释放机理研究，首次将水质与水体生物多样性进行关联研究，为水体生态修复过程中根据水质进行生态修复策略选择提供依据。

本方向多位老师将生物学技术应用于环境污染治理，筛选了一批可用于农药污染土壤修复、矿山土壤修复、纤维素降解、煤矿酸性废水处理、制革及染色废水处理的微生物菌种，并取得了很好的效果。